Наукой наук считалась теология, или богословие. Была разработана теоцентрическая картина мира. Бог считался началом и концом всего сущего. Среди множества попыток определения Бога одним из лучших считалось определение Анонима XII века: «Бог есть интеллигибельная (умопостигаемая) сфера, центр коей повсюду, а поверхность нигде». Вера в Бога провозглашалась выше всякого знания. Лучше всего эта максима была выражена в знаменитом парадоксе Тертуллиана (III век): «Credo quia absurdum est» («верю, ибо абсурдно»). То есть существующий мир – абсурден, не поддается рациональному осмыслению и тем более рассудочному изменению, и потому остается один путь – веры.
В XII веке получила развитие схоластика, высшая ступень средневековой теологии. Схоластика нередко негативно оценивается исследователями как бесплодная дисциплина, занимавшаяся выяснением ничтожных вопросов, например: сколько чертей уместится на кончике иглы. Однако такая оценка неверна. Даже в приведенном вопросе, при всей его кажущейся абсурдности, метафорически поставлена проблема бесконечно малых величин. Именно схоластами разработаны правила логики, которыми пользуется современная наука. Именно схоластами введены и осмыслены основные категории абстрактного знания: бытие и сознание, причина и следствие, форма и содержание и пр.
В XII веке в схоластике сложились два направления: реализм и номинализм. Представители первого направления (Бернар Клервосский, Бонавентура и др.) считали, что если есть слово для обозначения Бога, то, следовательно, есть и сам Бог. Представители второго направления (Росцелин, Пьер Абеляр и др.) утверждали возможность общих абстрактных понятий, не связанных с существованием действительных объектов; одним из таковых, по заключению номиналистов, могло быть понятие Бога. Неслучайно в номиналистах видели предшественников атеистов.
Среди доказательств бытия Бога наибольшим авторитетом пользовалось онтологическое доказательство, предложенное Фомой Аквинским (около 1272 года). Оно апеллировало к бытию, к самоочевидности его совершенства, гармонии, целесообразности; если это так, заключал Фома, то, следовательно, есть некая сила, которая привносит в мир совершенство, гармонию и цель; эта сила и есть Бог.
Бог считался высшей реальностью, по отношению к которому весь видимый и осязаемый мир признавался иллюзорным и кажущимся, отчего весь средневековый «реализм» получал перевернутое толкование: все, что ощущалось – нереально; глаза, уши, обоняние могут легко ошибиться, приняв ложные перевоплощения Дьявола, и наоборот, реально то, что за пределами восприимчивости органов чувств, что обретается ведением сердца. Кроме того, видимое всегда ущербно, несовершенно и преходяще, тогда как видимое (Бог) совершенно, нетленно, идеально и потому более реально и истинно.