Мир природы, мир вещей рассматривался не сам по себе, но в соотнесенности с Богом, как проявление его творческой энергии и как указание замысла творения. «Все творения мира,– писал Алэн Лилльский (XII век),– суть для нас как бы книга, картина и зеркало». Видимое являлось символическим образом невидимого; земное, посюстороннее – зеркальным отражением небесного, потустороннего. Феномен средневекового символизма был прост: все окружающее надлежало понимать как знак Бога. Символом Христа был агнец, символом Девы Марии – жемчужина. Орел был знаком евангелиста Иоанна, лев – евангелиста Марка, а телец – Луки и т.д.
Стали создаваться разнообразные словари символов. Таков «Физиолог», составленный анонимным автором. Таков «Бестиарий» Теобальда (XI век), своеобразная символическая зоология. Кошка оказывалась символом обжорства; козел был символом похоти; еж обозначал Дьявола, как и лиса; лебедь был символом мнимого святого. Наряду с реальными животными в «Бестиарии» фигурировали нереальные: левиафан, пожирающий себя; птица феникс, сгорающая и возрождающаяся; единорог с медной шкурой и пр.
Появились «Лапидарии» – своеобразные пособия по символической минералогии и геологии. Здесь сообщались реальные и ирреальные свойства камней: сапфир охранял девственность; алмаз был защитой в вере; изумруд сохранял чистоту сознания; аметист защищал от опьянения; бирюза поддерживала любовь; кошачий глаз оберегал дом. Среди реальных камней описывались и нереальные – философский камень, превращающий в золото любую материю, Святой Грааль, сообщавший вечную молодость.
Возникла алхимия, особая символическая наука о природных элементах, ставившая целью постижение Единого. Основы этой науки содержались в «Изумрудной скрижали» Гермеса Трисмегиста, под чьим именем писали Зосима и Синезий (IV век), Олимпиодор и Стефан (VI век). Здесь давалось описание свойств семи металлов (золота, серебра, железа, меди, олова, свинца, ртути). Золото считалось символом Бога Отца, оно отмечалось знаком Солнца. Серебро было символом Бога Сына и обозначалось знаком Луны. Ртуть была символом Бога Святого Духа и изображалась знаком Меркурия. В попытке алхимика превратить все в золото скрывалось отнюдь не алчное устремление, но желание возвести несовершенную материю до статуса Бога. Алхимик был движим желанием трансмутировать неодухотворенную природу в одухотворенную. Отсюда – мечта о гомункулусе.
При всем при том алхимия пришла к открытию многих химических элементов, свойства которых прежде не были известны, например: мышьяк, сера, сода, квасцы, кислоты и др. Раймунд Луллий (1315 год) впервые получил спирт в результате перегонки вина. Вслед за этим были созданы крепкие спиртные напитки – виски, коньяк, водка (aqua vital), которые считались лекарством от чумы. Алхимики открыли селитру, на основе которой Бертольд Шварц в начале XIV века составил первую рецептуру пороха.