Во второй половине XII века развернулась война за полное уничтожение между двумя самурайскими родами – Минамото и Тайра. Минамото вышли победителями, именно этому роду досталось звание сегуна. Его резиденция была перенесена в город Камакура, давший название первому сегунату. Формально в Японии сохранялась империя, во главе государства стоял тэнно, правивший в Хайяне. Реально вся полнота власти находилась в руках сегуна.
Сегунат, правительство сегунов в Японии в 1192-1867 годах, называлось также бакуфу. Собственно, бакуфу – первоначально полевая ставка командующего армией – сёгуна. Когда сёгуны стали реально управлять страной с конца 12 века до периода Мэйдзи, их правительства также стали называть по определению полевой ставки главнокомандующего – бакуфу.
В 60–80-е годы XIII века монгольский флот несколько раз пытался овладеть Японскими островами, но уничтожался тайфуном, который японцы прозвали «Камикадзе», то есть божественный ветер. В начале XIV века вновь обострилась борьба между самурайскими родами. В 1333 году победителем вышел род Асикага. Сегун этого рода объявил о возвращении всей полноты власти императору. Резиденция сегуна была перенесена в Киото, новую столицу империи, и возведена в квартале Муромати, давшему название второму сегунату. Его особенностью была подчеркнутая почтительность к императору, акцентирование божественного положения тэнно, который все определяет, хотя тайные нити государственного управления сходились во дворце сегуна. Именно тогда сложились характерные для японского общества правила этикета, официальной учтивости.