Говоря о дальнейшей судьбе Исламской цивилизации, нужно отметить несколько последующих волн ее экспансии в Европе и Азии. Они были вызваны миграциями и усилением тюрков-сельджуков в XI–XII столетиях, завоеваниями монголов в XIII–XIV веках и возвышением турков-османов в XIV–XVI столетиях. Тюрки-сельджуки в 1050 году взяли Исфахан, в 1055 – Багдад, в 1071 году сокрушили византийскую армию при Манцикерте и дошли до Константинополя; они покорили Кавказ, подчинили своему влиянию Крым, вторглись в земли Западного Причерноморья. В 1176 году сельджуки вновь торжествовали победу над Византией в битве при Мириокефалоне. Однако уже в XIII веке они уступили доминирующую роль на Ближнем Востоке монголам.
Монгольское завоевание оказалось еще более значительным. Уже в середине XIII столетия монголы овладели Средней Азией, Ближним Востоком, Кавказом, значительной частью Восточной Европы. В 1258 году Хулагу взял Багдад, умертвив последнего аббасидского халифа и создав мусульманскую державу Хулагуидов. Тогда же хан Берке, также принявший ислам, утвердил свое господство в Крыму и в Западном Причерноморье. Образовалась Великая монгольская держава (Еке Монгол улус) от Средиземного моря до Тихого океана.
В XIV веке началось стремительное возвышение турков-османов. В 1326 году османы захватили Брусу, в 1331 – Никею, в 1337 году – Никомедию, в 1354 году – Анкару и Галлиполи, что открыло им путь в Европу. В 1361 году правитель турков-османов Мурад I взял Адрианополь и принял титул султана. В 1389 году в битве на Косовом поле османы разбили сербов, и впоследствии захватили столицу Болгарии – Тырново. Победоносное шествие османов было прервано монголами: в 1402 году в битве при Анкаре османская армия была сокрушена Тамерланом. Только через пятьдесят лет османы оправились от поражения.
В 1453 году султан Мехмед II Фатих взял Константинополь, превратив его в мусульманскую столицу – Стамбул. В 1460 году османы завоевали Морею, в 1461 – Трапезунд, в 1478 – Боснию, в 1475 – Кафу в Крыму, в 1478 году – Валахию. В 1517 году Селим I захватил Кипр, казнил последнего мамлюкского султана, пленил халифа и принудил его отказаться от халифских полномочий в пользу османских султанов. В 1521 был взят Белград, а в 1526 году завоевана столица венгров Буда. В 1529 году османы осадили Вену; после двух месяцев осады они вынуждены были отступить. Это был апогей военных побед османов. На протяжении последующих нескольких столетий ислам стал фактором истории Центральной и Юго-Восточной Европы. Первым крупным поражением османов стало поражение в битве при Лепанто в 1571 году, в которой совместный венецианско-испанский флот уничтожил турецкую эскадру.
Помимо военных успехов исламской цивилизации в мусульманском мире происходили и реформаторские движения. Так, центральной догмой шиитов стал культ имама – авторитетного учителя из «дома Али», безгрешного и непогрешимого в делах веры, обладающего тайным знанием и наделенного способностью толковать сокровенный смысл Откровения. Имамом его делает не человеческое произволение, а внутренний характер его природы – присутствие в его существе предвечной божественно-световой субстанции. Без имама и его руководства невозможно спасение верующих. Авторитет имамов шииты противопоставляют согласному мнению религиозных авторитетов (иджма) суннитов, эзотерический смысл откровения (батин), доступный только «посвященным», – экзотерическому (захир). Своей кульминации шиитская доктрина достигает в учении о «скрытом имаме»: последний из «видимых имамов» (разный в различных шиитских сектах: у исмаилитов – седьмой, у имамитов – двенадцатый) не умер, а перешел в состояние гайба, то есть по воле Бога был изъят и сокрыт от людей, продолжая в этом сокрытом состоянии управлять жизнью верующих и долженствующий в конце времен явиться в роли своего рода мессии – махди, наполнив мир правдой и справедливостью.
Вероучение и догматика крайних шиитов (алавитов, друзов, али-илахи, карматов, хуруфитов) носят синкретический характер и содержат элементы древних астральных культов, индуизма, зороастризма, манихейства. Своеобразное развитие некоторые шиитские идеи получили в новое время у шейхи, бабитов и бехаитов – течений, возникших в XIX веке в Иране. Основатель последнего – Мирза Хусейн Али (Бахаулла), верный махдистским традициям шиизма, в то же время попытался выступить в качестве основоположника нового вероучения, призванного сплотить все человечество.
В лоне суннитского ислама в середине XVIII столетия возникает религиозно-политическое движение ваххабитов (по имени основателя – Мухаммада ибн Абд ал-Ваххаба), отвергавших «новшества», которые появились в исламе в процессе его исторического развития и контактов с другими религиозными системами (культ святых, веру в чудеса, дервишество). Ваххабизм оказал определенное влияние на мусульманских реформаторов второй половины XIX – начала XX века (ал-Афгани, Мухаммед Абдо, Рашид Рида), которые понимали реформацию как очищение ислама от исторических искажений и наслоений через возврат к этосу ранней мусульманской общины. В XX столетии, во многом как реакция на социально-политическое и культурное влияние Запада, в мусульманских странах возникают идеологии, базирующиеся на исламских ценностях (панисламизм, фундаментализм).